La Cordillera Carpetana es la divisoria de aguas entre la cuenca del Duero (ríos Cega y Duratón) y la cuenca del Tajo (río Jarama).

Cursos de agua más importante en la zona son:

a)      el río Cega, que transcurre por el margen occidental de la zona de estudio. Está formado por la reunión de los diversos arroyos que nacidos en lo alto de la divisoria del Sistema Central, fundamentalmente en el término municipal de Navafría (puerto de Navafría y Lozoya), recibe las aguas del río Pontón y del arroyo Vadillo que pasa por Pedraza.

b)      el río Duratón, que recorre muy poco espacio dentro de la zona y conduce al Duero las aguas nacidas en la Sierra de Somosierra desde el puerto de Riaza hasta el de Sinero. Nace en el puerto de Somosierra y desciende con rumbo al norte.

c)      el río Jarama, afluente del Tajo por su orilla derecha, al igual que el Duratón recorre muy poco espacio dentro de la zona. Nace al este del puerto de Somosierra, en las nieves de la sierra comprendida entre el cerro Cebollero y la peña de la Silla, en la divisoria de las provincias de Madrid y Guadalajara.

d)     Por último, y también en el puerto de Somosierra nace el río Madasquillos o de la Puebla, en dirección sur, y recibe al de la Nava antes de verter sus aguas al río Lozoya en el embalse de Puentes Viejas. El "Río de las Pozas", afluente del Río Cega, discurre cruzando el municipio de norte a sur.